Wracając z egzaminów w Moskwie, Rotow zatrzymał się w Jarosławiu, gdzie arcybiskup Dymitr (Gradusow) udzielił mu święceń diakońskich, zaś dwa dni później przyjął od niego wieczyste śluby mnisze, nadając mu imię Nikodem na cześć Nikodema, tajnego ucznia Jezusa, zgodnie z życzeniem Borisa Rotowa. Fakt wstąpienia przez młodzieńca do stanu duchownego pozostawał w ciągu najbliższych kilku lat tajemnicą. Mnich Nikodem odbył zasadniczą służbę wojskową na zasadach dla świeckich studentów i przez dwa lata studiował, osiągając dobre wyniki. Dopiero 20 listopada 1949, po przyjęciu święceń kapłańskich, postanowił przerwać naukę i całkowicie skupić się na pracy dla Cerkwi.
Kapłaństwo mały|Sobór Fiodorowskiej Ikony Matki Bożej w Jarosławiu, w którym Nikodem (Rotow) służył przez cztery lata Po przyjęciu święceń hieromnich Nikodem został włączony do kleru eparchii jarosławskiej i rostowskiej i objął jako proboszcz parafię w Dawydowie. Następnie prowadził pracę duszpasterską w Perejasławiu Zaleskim i w Ugliczu, gdzie został ponadto dziekanem dekanatu uglickiego. Od 1952 służył w soborze Fiodorowskiej Ikony Matki Bożej w Jarosławiu. Ponadto w 1950 podjął w trybie zaocznym naukę w seminarium duchownym w Leningradzie, zaś po jego ukończeniu – na Akademii Duchownej w tym samym mieście.