W 1942 po raz pierwszy spełniał w cerkwi w Riazaniu funkcję ministranta, co czynił początkowo w tajemnicy przed rodzicami, następnie zaś wbrew ich sprzeciwom.
Po II wojnie światowej szesnastoletnim Borisem Rotowem zainteresował się biskup riazański Dymitr (Gradusow), który zgodził się przyjąć od niego wieczyste śluby mnisze. W ostatniej chwili, gdy data tego wydarzenia była już wyznaczona, dwie mniszki zaproszone do asystowania przy ceremonii przekonały hierarchę, iż kandydat na mnicha jest za młody, w dodatku jego rodzice nie wyrazili zgody na wstąpienie przezeń do monasteru. W tym samym roku biskup Dymitr został przeniesiony do eparchii jarosławskiej i rostowskiej i do 1947 utrzymywał z Rotowem jedynie kontakt korespondencyjny.
W 1947 Boris Rotow ukończył szkołę średnią. Zdał egzamin wstępny na studia w Instytucie Medycyny w Moskwie, jednak nie został przyjęty z powodu zbyt dużej liczby kandydatów. Na podstawie wyników tego samego egzaminu pozwolono mu natomiast podjąć studia na wydziale nauk przyrodniczych Instytutu Pedagogicznego w Riazaniu.