Według Thierry’ego Coville’a, chociaż nie zdołał zrealizować do końca żadnego z elementów swojego programu, właśnie jego działalność położyła podwaliny pod powstanie obozu reformatorskiego, na czele którego stał kolejny prezydent Mohammad Chatami.
Dalsza działalność mały|Ali Akbar Haszemi Rafsandżani (2014)|301x301px W 2004 r. został przewodniczącym irańskiej Rady Ustalania Właściwego Porządku. Wygrał pierwszą turę wyborów prezydenckich w Iranie 17 czerwca 2005 roku, zdobywając 21% wszystkich oddanych głosów. Był powszechnie typowany na zwycięzcę całych wyborów, jednak w drugiej turze 24 czerwca przegrał z Mahmudem Ahmadineżadem, który uzyskał 64% głosów. Przez kolejne osiem lat był najbardziej wpływowym krytykiem polityki Ahmadineżada. Występował również jako mediator między frakcjami konserwatystów i reformistów. Po śmierci w lipcu 2007 r. wieloletniego przewodniczącego Zgromadzenia Ekspertów, Alego Meszkiniego, został wybrany na nowego przewodniczącego tego gremium, pokonując stosunkiem głosów 41:30 kandydata konserwatystów i sojusznika ówczesnego prezydenta, Ahmada Dżanatiego.