Chamenei, który dotąd popierał reformy prezydenta, nie aprobował jego kolejnych pomysłów inspirowanych chińskim modelem gospodarki – zliberalizowania prawa pracy, dalszej prywatyzacji, wycofania się z państwowych dopłat do żywności i benzyny, przyznaniu koncesji naftowych firmom zagranicznym. Prezydentowi nie udało się również naprawić stosunków Iranu z Zachodem, w tym z USA, które to państwo, mając w pamięci kryzys zakładników, nadal widziało w Iranie głównie zagrożenie dla Izraela i dla interesów USA w regionie. Był wreszcie niepopularny z powodu korupcji w elicie władzy, jakiej symbolem się stał. Podczas drugiej kadencji pozostawał w stałym konflikcie z parlamentem, blokującym jego inicjatywy. Wycofał się z dalszej prywatyzacji i liberalizacji gospodarki, przywracając niektóre elementy centralnego planowania, które wcześniej likwidował. Rafsandżani negocjował też z Rosją budowę reaktora w elektrowni Buszer, uruchomionej ostatecznie w 2011 roku.
Zgodnie z konstytucją Iranu Haszemi Rafsandżani nie mógł kandydować na trzecią kadencję prezydencką.