Kontynuował programy rozwojowe na rzecz budowy infrastruktury wiejskiej, rozwoju służby zdrowia, budowy metra w Teheranie i urządzania parków miejskich. Przed wyborami parlamentarnymi w 1992 roku, wspólnie z Najwyższym Przywódcą Iranu Ali Chamenei, doprowadził do wyeliminowania przez Radę Strażników Konstytucji znaczącej liczby kandydatów lewicowych. Odejście przez Haszemiego Rafsandżaniego od polityki rewolucyjnej porównywane jest w literaturze do zmian, jakie zaszły we Francji po przewrocie termidoriańskim.
W 1993 r. Haszemi Rafsandżani został powtórnie wybrany na prezydenta, jednak uzyskał znacznie mniejsze poparcie (62%), przy gorszej frekwencji. Niezadowolenie społeczne budziła gospodarcza sytuacja kraju, chociaż nie była ona efektem wyłącznie działań prezydenta, ale również międzynarodowej koniunktury na rynku ropy naftowej. Prezydentowi zarzucano również niepowodzenia w powojennej odbudowie kraju, która nie postępowała równomiernie na wszystkich terenach. Pogorszyły się również stosunki między Haszemim Rafsandżanim a Alim Chamenei – Najwyższy Przywódca publicznie apelował do prezydenta o zwrócenie większej uwagi na los najuboższych oraz o zmniejszenie zależności Iranu od importu, handlu ropą oraz zagranicznych kredytów.