Ale również ten spór został rozwiązany.

Na lata 1546–1547 przypada bunt miast królewskich, które sprzeciwiły się udziałowi w tłumieniu wojny ze Związkiem Szmalkaldzkim w Niemczech. Wśród nich był również Hradec Králové. Bitwa pod Mühlbergiem w 1547 r. stała się przyczyną upadku ruchu powstańczego. Majątki miasta zostały skonfiskowaneTomáš V. Bílek, Dějiny konfiskací v Čechách po r. 1618. Část druhá, Praga 1883 i wieś została sprzedana Janowi z Pernštejna. Przez niego został przyszłego roku przedłużony Kanał Łabski tak, że następnie prowadził wody od Łaby aż do miejscowego młyna. Jaroslav, syn Jana z Pernštejna, ostatecznie sprzedał wieś w 1559 r. miastu Hradec KrálovéCzasopismo Královéhradecko, 15 marca 1939. Tak został zamknięty krótki epizod pernštejnowski.

Pierwszą rzeczą, która została wybudowana przez mieszczaninów hradeckich, była bażantarnia miejska. W 1612 r. wieś została zabrana z powodu długu 13.000 kop groszy czeskich, zagwarantowanego przez gminę Hradec Králové w okresie panowania Rudolfa IIJ. J. Solař, Dějepis Hradce Králové n. Labem a biskupství hradeckého, Praga 1870, osiem lat później została skonfiskowana przez cesarza Ferdynanda II.