Po wybuchu I wojny światowej część sióstr wspólnoty udała się na front, by służyć w armii rosyjskiej jako siostry miłosierdzia. Klasztor kontynuował dotychczasową działalność także po rewolucji październikowej, mimo coraz trudniejszej sytuacji. Jego przełożona była oskarżana o szpiegostwo na rzecz Niemiec, kilkakrotnie klasztor był napadany przez zwolenników bolszewizmu, którzy zarzucali mniszkom przechowywanie w nim broni i wspieranie caratu. W kwietniu 1918 Elżbieta Fiodorowna została aresztowana; do więzienia dobrowolnie udały się razem z nią siostry Warwara Jakowlewa i Jekatierina Janyszewa. Siostry Elżbieta i Warwara zostały zamordowane w Ałapajewsku dwa miesiące później.
Okres radziecki Klasztor Świętych Marty i Marii działał jeszcze do 1926; istnieje wersja, według której przeciwniczką jego zamknięcia była Nadieżda Krupska. Ostatecznie zakonnice zostały zmuszone do opuszczenia monasteru i wywiezione do Azji Środkowej. Zabudowania klasztorne zaadaptowano częściowo na pracownię konserwacji ikon, częściowo na cele medyczne.