W trakcie procesu Jezusa Jan i Szymon Piotr byli obecni na dworze arcykapłana, a podczas ukrzyżowania, Jan był jedynym obecnym apostołem, któremu Nauczyciel powierzył opiekę nad swoją matką, Marią.
Na wieść o pustym grobie, którą otrzymał od Marii Magdaleny, Jan i Szymon Piotr udali się tam, by przekonać się na własne oczy. Według Ewangelii Jana, Jan był jednym ze świadków objawień Jezusa po Zmartwychwstaniu. Zgodnie z przekazem Dziejów Apostolskich, po Wniebowstąpieniu, był obecny na Wieczerniku, a następnie towarzyszył Szymonowi Piotrowi w uzdrowieniu paralityka. Następnie obaj udali się do Samarii, a Jan później był w Jerozolimie i Patmos, by po 70 roku znaleźć się w Efezie.
Zmarł około 98 albo 101 roku w Efezie.
W źródłach pozabiblijnych Według Pseudo-Abdiasza miał zamiar zawrzeć małżeństwo, lecz nie doszło to do skutku. Uczniem Jana był Polikarp, który później został biskupem Smyrny.
Pobyt w Efezie potwierdzają świadectwa Klemensa Aleksandryjskiego i Ireneusza z Lyonu. Tertulian twierdził, że Jan był także w Rzymie, gdzie cesarz Domicjan skazał go na śmierć przez ugotowanie w oliwie, jednak nie doszło to do skutku.