Brakuje informacji o okolicznościach śmierci. Ze względu na brak relikwii uważa się, że nie zmarł śmiercią męczeńską. Wybrane cytaty z dzieł Papiasza z Hierapolis, Quodvultdeusa z Kartaginy, Grzegorza z Nyssy, Jana Chryzostoma i Afrahata podważają tę tezę. Ostateczna redakcja pism Janowych byłaby wtedy dziełem jego uczniów. Grób Jana prawdopodobnie znajdował się na wzgórzu Ayasoluk w miasteczku Selçuk. W miejscu tym w VI wieku wzniesiono bazylikę św. Jana.
Powstało kilka apokryficznych dzieł opisujących postać apostoła: między innymi koptyjski Apokryf Jana z II wieku, który znajdował się w zbiorach biblioteki z Nadż Hammadi. Częściowo zachowane Dzieje Jana (również z II wieku) opisują pobyt Jana w Azji Mniejszej, zwłaszcza w Efezie. Pochodzące z okresu IV–VI wieku Dzieje Jana w Rzymie świadczą o nieprawdziwych prześladowaniach Żydów za Domicjana i procesie Jana w Rzymie, podczas którego przemawiał przed cesarzem, a następnie został zesłany na Patmos. Greckie Dzieje Jana Pseudo-Prochora, powstałe najprawdopodobniej w V wieku, informują przede wszystkim o działalności apostoła na Patmos.