W rezultacie, wbrew protestom arcybiskupa, wszystkie oskarżone wypuszczono na wolność, oprócz jednej, która zmarła w więzieniu.
Chociaż szwajcarskie związki gmin ogłosiły swobody religijne, w listopadzie 1583 rozpoczął wizytację apostolską we wszystkich kantonach szwajcarskich, zostawiając sprawy diecezji w rękach wikariusza generalnego Owena Lewisa. Zaczął od Val Mesolcina. W Rovereto o zajmowanie się czarami został oskarżony kierownik miejscowej szkoły. Boromeusz doprowadził do aresztowania ponad setki ludzi. 10 kobiet i kierownik szkoły zostali skazani na śmierć przez włożenie głową do ognia. Siedem wyroków wykonano. W odpowiedzi na rosnącą popularność reformacji na terenie Szwajcarii Boromeusz zachęcił Ludwiga Pfyffera do prac nad utworzeniem Złotego Związku, choć nie dożył jego utworzenia w 1586. Mający siedzibę w Lucernie związek stał się ośrodkiem kontrreformacji.
Gdy w 1582 przeprowadzano reformę mszału rzymskiego i brewiarza, postarał się, aby w jego diecezji zachować od dawna stosowany ryt ambrozjański.