Używając prywatnych funduszy i zadłużając się, starał się nakarmić do 70 tysięcy ludzi dziennie. Podczas epidemii ospy (1577), prowadził boso procesję pokutną ulicami miasta, po której epidemia wygasła.
Już kiedy pełnił stanowisko administracyjne w Rzymie, miał związek ze sprawami angielskimi. W czasach królowej Elżbiety I wielu katolików w obawie przed prześladowaniami uciekło z Anglii do Włoch. Późniejszy święty, Edmund Campion, jezuita wysłany z misją do Anglii w 1580 w drodze odwiedził Boromeusza i przebywał u niego 8 dni, które spędzili na rozmowach. Teologiem od spraw kanonu był Walijczyk dr Griffith Roberts, a głównym wikariuszem Anglik Thomas Goldwell. Boromeusz nosił wizerunek św. Jana Fishera, który został podobnie jak św. Tomasz More zabity w czasach panowania Henryka VIII.
Dwukrotnie patronował procesom przeciwko czarownicom. W 1569 zatwierdził siedem wyroków śmierci przeciwko oskarżonym o czary kobietom z Lecco, jednak wyroków tych nie wykonano, gdyż oprotestował je Senat Mediolanu, wsparty przez rzymską Kongregację Świętego Oficjum, która zakwestionowała dowody zebrane przez sąd arcybiskupi.