Po zakończeniu II wojny światowej Kiedy Sowieci doszli do Wisły, w sierpniu 1944 Jastrzębski został aresztowany przez NKWD na podstawie informacji sąsiada, który doniósł, że w okolicy mieszka niemiecki wojskowy. Po aresztowaniu spędził rok w sowieckim więzieniu. Po powrocie do kraju, w połowie 1945 roku, rozpoczął służbę w Ministerstwie Bezpieczeństwa Publicznego, prawdopodobnie nadal jako agent wywiadu radzieckiego. Pracę w polskich organach bezpieczeństwa rozpoczął 15 listopada 1945 od wysokiego stanowiska kierownika Wydziału II (Walka z reakcyjnym podziemiem) Departamentu I (kontrwywiad) MBP. Sprawując funkcję kierownika Wydziału II, jednocześnie 1 lipca 1946 roku został wicedyrektorem Departamentu I; tym samym pełnił funkcję pierwszego zastępcy ówczesnego dyrektora Departamentu I, Romana Romkowskiego. 20 lutego 1947 roku został szefem Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego w Gdańsku, w marcu 1948 roku, już w stopniu podpułkownika, powrócił do centrali MBP na stanowisko dyrektora Departamentu I MBP.