W czerwcu 1948 roku został odwołany „za brak czujności”, jak mówiła wersja oficjalna, a według samego Jastrzębskiego za sprzeciw wobec stosowania tortur w stosunku do zatrzymanych.
28 września 1948 roku został wysłany do Lublina, gdzie stanął na czele tamtejszego Wojewódzkiego Urzędu Bezpieczeństwa Publicznego (WUBP) i brał udział w walkach z partyzantami z Narodowych Sił Zbrojnych i innych organizacji oraz Ukraińcami z UPA, którzy nie złożyli broni po zakończeniu wojny. Odwołany z MBP 1 marca 1950, pracował jako inspektor w Ministerstwie Państwowych Gospodarstw Rolnych, następnie w Zarządzie Kin. Od 1960 służył jako zastępca dowódcy ds. politycznych Warszawskiego Okręgu Wojskowego, w 1964 został mianowany attaché wojskowym w Rzymie. Po powrocie do kraju w 1968 roku został zastępcą Głównego Inspektora Obrony Terytorialnej – szefem Inspektoratu Powszechnej Samoobrony. Odwołano go w 1972 r. po ucieczce syna do Danii. Wieloletni członek Rady Naczelnej ZBoWiD.