Gdy flota znalazła się w tropikach nastały bardzo gorące, wilgotne dni. Skazańcom, ale również załodze i oficerom, dawały się we znaki szkodniki: szczury, pluskwy, wszy, karaluchy i pchły. Zęzy pełne były stęchłej, śmierdzącej wody, co stwarzało warunki nie do zniesienia, szczególnie dla skazańców. Sztormy tropikalne zmuszały do zamykania pokryw luków, co jeszcze pogarszało ich sytuację. W rezultacie na "Alexandrze" zachorowała i zmarła pewna liczba więźniów. Na statkach, które przewoziły kobiety, panowało niepohamowane rozpasanie, w czym uczestniczyli zarówno więźniowie jak i marynarze i marines.
W czasie ciszy morskiej Phillip został zmuszony do racjonowania wody, którą wydawano w ilości trzech pint (około półtora litra) dziennie. W końcu jednak przyszedł wiatr, co pozwoliło flocie dotrzeć 5 sierpnia do Rio. Postój w zatoce trwał miesiąc. Zęzy oczyszczono i przewietrzono, dokonano niezbędnych napraw, pobrano zapas wody, a nadto Phillip zamówił spore zapasy żywności. Ubrania więźniarek, ze względu na ilość wszy, zostały spalone;