Dowódcą AE2, od przyjęcia do służby aż do zatopienia, był komandor podporucznik (Lieutenant Commander) Henry Gordon Stoker, oficer Royal Navy irlandzkiego pochodzenia, znany później sportowiec, aktor i reżyser filmowy i teatralny, prywatnie kuzyn pisarza Brama Stokera. Jego zastępcą był porucznik G. A Haggard, drugim oficerem porucznik Pitt Carey, obaj z Royal Navy. Załoga okrętu była mieszana, brytyjsko-australijska
Pierwszym zadaniem obydwu okrętów podwodnych po rozpoczęciu działań wojennych w sierpniu 1914 roku było patrolowanie rejonu niemieckich kolonii na Pacyfiku: Karolin, Nauru, Nowej Brytanii i Nowej Gwinei. We wrześniu AE1 i AE2 weszły w skład australijskich sił ekspedycyjnych, które zaatakowały Rabaul. 11 września Australijczycy desantowali oddziały na Nowej Brytanii, 13 września niemiecki garnizon kolonii skapitulował. 14 września AE1 zaginął w morzu wraz z całą załogą i AE2 pozostał jedynym w służbie australijskim okrętem podwodnym. Po kapitulacji niemieckich kolonii i opuszczeniu regionu przez siły niemieckie, nie było już potrzeby utrzymywania tam pełnomorskich okrętów, i AE2 został oddany pod bezpośrednią komendę brytyjskiej Admiralicji, która zdecydowała o użyciu go na wodach europejskich.