Dwukrotnie z powodzeniem ubiegał się o reelekcję w wyborach powszechnych, wygrywając w pierwszych turach głosowania: w 1992 otrzymał 56,7% głosów, a w 1997 poparło go 61,4% głosujących.
Był przywódcą państwa w okresie wojny w Chorwacji, w jej wyniku Slawonia i Krajina pozostały w granicach Chorwacji. W trakcie jego prezydentury doszło też do wojny w Bośni i Hercegowinie. Początkowo był zwolennikiem koncepcji podziału tego kraju na trzy części, wspierał Chorwacką Republikę Herceg-Bośni i podjął negocjacje ze Slobodanem Miloševiciem. W 1994 pod naciskiem USA zerwał współpracę z Serbami, po czym podpisał porozumienie z przywódcą bośniackich muzułmanów Aliją Izetbegoviciem. W 1995 był jednym z sygnatariuszy układu z Dayton, który zakończył dla Chorwacji okres wojen w regionie.
Sposób sprawowania przez niego władzy w Chorwacji określano jako autorytarny. W toku długotrwałego konfliktu zbrojnego z Serbią obie strony dokonały licznych zbrodni wojennych i masowych przesiedleń ludności. Chorwacji zarzucano brak faktycznej współpracy z Międzynarodowym Trybunałem Karnym dla byłej Jugosławii. Prokurator tego trybunału Graham Blewitt w 2000 stwierdził, że sam Franjo Tuđman także zostałby pociągnięty do odpowiedzialności przed ICTY.