Krytykowany był także za odwoływanie się do historycznego dziedzictwa faszystowskiego ruchu ustaszy, którzy w czasie II wojny światowej dokonywali czystek etnicznych i innych zbrodni wojennych we współpracy z nazistowskimi Niemcami. Pojawiały się zarzuty korupcji i nepotyzmu (jego najstarszy syn kierował w latach 90. agencją wywiadowczą). Jego rządy doprowadziły do politycznej izolacji Chorwacji na arenie międzynarodowej.
W 1999 stan zdrowia prezydenta, zmagającego się z chorobą nowotworową, uległ pogorszeniu. Franjo Tuđman zmarł 10 grudnia tegoż roku. W związku z jego śmiercią w Chorwacji ogłoszono trzydniową żałobę narodową. Został pochowany na cmentarzu Mirogoj w Zagrzebiu.
Życie prywatne Był żonaty z Ankicą Tuđman (1926–2022), którą poznał w partyzantce. Miał troje dzieci: synów Miroslava i Stepana oraz córkę Nevenkę.