zwolniono go po 8 miesiącach kary. W 1981, po wywiadzie dla zagranicznej telewizji dotyczącym m.in. kwestii ustaszy, został skazany na 3 lata pozbawienia wolności. Był osadzony od stycznia 1982 do lutego 1983 oraz od maja do września 1984, zwalniano go z uwagi na stan zdrowia.
W 1987 odzyskał paszport, odbył wówczas szereg podróży, nawiązując kontakty z chorwackimi społecznościami emigracyjnymi. W 1989 był współzałożycielem Chorwackiej Wspólnoty Demokratycznej, wówczas ruchu o profilu nacjonalistycznym i konserwatywnym. W tym samym roku został przewodniczącym HDZ jako partii, którą kierował do czasu swojej śmierci w 1999. Wiosną 1990 w Chorwacji przeprowadzono pierwsze wolne wybory do Zgromadzenia Chorwackiego, w których HDZ odniosła zdecydowane zwycięstwo. Jej lider uzyskał wówczas jeden z mandatów, które przypadły tej partii.
30 maja 1990 Franjo Tuđman został głową państwa, gdy parlament wybrał go na przewodniczącego kolegialnego prezydium. 22 grudnia tegoż roku, po reformie konstytucyjnej, objął urząd prezydenta. 25 czerwca 1991 kierowana przez niego Chorwacja ogłosiła niepodległość.