Preceptorem Henryka był de La Gaucherie, protegowany Teodora Bezy, kalwinista. Wiosną 1562 został zastąpiony przez katolika Jana De Losses. Po śmierci Antoniego de Bourbon, francuska królowa-matka Katarzyna Medycejska, licząca się w tej kwestii ze zdaniem Joanny d’Albret, zmieniła preceptora. Został nim ponownie La Gaucherie, którego pomocnikiem był pastor Wiktor Palma-Cayet. Henryk posiadł znajomość łaciny. Z kolei jego ulubioną książką był romans rycerski Amadis. Od końca 1562 do początku 1564 uczył się w Kolegium Nawarskim na Wzgórzu Świętej Genowefy w Paryżu. Następnie towarzyszył królowi Karolowi IX i jego matce Katarzynie Medycejskiej w ponad dwuletniej podróży po Francji. W połowie października 1564 roku w Salon-de-Provence dwór odwiedził Nostradamus, który przepowiedział Henrykowi IV, że zostanie królem Francji i Nawarry. W 1565 Henryk został na kilka miesięcy wysłany na dwór matki. Joanna przydzieliła synowi nowego nauczyciela, Morelly de Villiers. W grudniu 1565 Henryk dołączył do dworu królewskiego, z którym w 1566 dotarł do Paryża.