W sierpniu 1561 roku wraz z matką i siostrą przybył na dwór królewski do Paryża. W tym czasie stosunki pomiędzy rodzicami Henryka uległy pogorszeniu – 25 grudnia 1560 Joanna oficjalnie przeszła na kalwinizm, z kolei Antoni ostatecznie opowiedział się po stronie religii rzymskokatolickiej. Dodatkowo de Bourbon zdradzał żonę. Henryk wychowywany na gorliwego kalwinistę, razem z m.in. królem Karolem IX, jego braćmi Henrykiem i Franciszkiem urządzał „antypapistowskie” maskarady. W marcu 1562 Antoni de Bourbon zmusił żonę do wyjazdu ze stolicy, pozostawiając syna przy sobie. Pod wpływem ojca w czerwcu 1562 Henryk publicznie zadeklarował się jako katolik. Antoni de Bourbon zmarł 17 listopada 1562 roku, jednak jego syn dalej pozostawał na paryskim dworze. Henryk, po ojcu, został tytularnym gubernatorem Gujenny.