W styczniu 1567 Joanna uzyskała zgodę Katarzyny na to, żeby zabrać syna do dawnych posiadłości Antoniego de Bourbon w północnej Francji. Następnie, wbrew ustaleniom, Joanna z synem nie wróciła na dwór, lecz udała się do Bearn. W 1568 Henryk nominalnie stał na czele sił nawarskich, walczących z tamtejszymi katolickimi buntownikami. Faktycznym dowódcą był Antoni de Gramont. Nie doszło nawet do bitwy, buntownicy się rozpierzchli, a Henryk złożył zapewnienie, że tolerancja religijna nadal będzie respektowana w Nawarze. Latem 1568 Henryk znalazł się na liście protestantów, którzy na polecenie Katarzyny Medycejskiej mieli zostać doprowadzeni na dwór królewski. Liderzy protestantów razem z Henrykiem schronili się w La Rochelle. Jesienią 1568 Henryk wyruszył na wojnę (trzecia wojna religijna we Francji); matka powierzyła go opiece admirała Kacpra de Coligny. Po śmierci Ludwika de Condé w bitwie pod Jarnac w marcu 1569 Joanna d’Albret ogłosiła dowódcami armii kalwińskiej Henryka IV i jego stryjecznego brata Henryka de Condé. Faktycznym wodzem pozostał Coligny.