Tadeuszowi Wasilewskiemu, który polecił mu przekazać agenturę, zdać bieżące sprawy w Rumunii i wyjechać do Paryża. Na początku stycznia 1940 w Belgradzie przekazał kierownictwo agentury Referatu „W”, ulokowanej w Europie Środkowej i na Bałkanach, ppłk. Tadeuszowi Skinderowi, zaś 20 stycznia 1940 zameldował się u szefa Oddziału II Sztabu Naczelnego Wodza w Paryżu. Został odsunięty od czynnej służby w wywiadzie, pozostając w dyspozycji szefa Oddziału II. We Francji uczestniczył w kursach oficerskich i prowadził wykłady z zakresu problematyki sowietologicznej.
Po upadku Francji przedostał się do Wielkiej Brytanii, gdzie został osadzony w karnym obozie oficerskim w Rothesay na wyspie Bute. W latach 1941–1942 był wykładowcą w Szkole Oficerów Wywiadu, skąd został usunięty po oskarżeniu swych przełożonych - płk Stefana Mayera i płk Stanisława Gano o niepodjęcie czynności służbowych przeciw szefowi Referatu Zachód mjr. Janowi Żychoniowi podejrzanemu (wg Niezbrzyckiego) o działanie na rzecz wywiadu niemieckiego. Sąd wojskowy Polskich Sił Zbrojnych nie zakwestionował przedstawionych zarzutów wobec Żychonia ograniczając się do funkcji rozjemcy. W konsekwencji, w połowie lutego 1944 major Jan Żychoń zrezygnował ze stanowiska.