Kapitan Jerzy Niezbrzycki był znawcą problematyki sowieckiej, o czym świadczyły jego teksty publicystyczne, a także poważniejsze szkice i studia drukowane pod pseudonimem Ryszard Wraga na łamach prasy, przede wszystkim zaś elitarnego dwutygodnika Bunt Młodych, (później Polityka) redagowanych przez Jerzego Giedroycia.
W lipcu 1939 zajmował się pracami nad sformowaniem w Polsce czechosłowackiej jednostki wojskowej gen. Lwa Prchali, pełniąc funkcję oficera do spraw tworzenia Legionu Czechów i Słowaków przy Szefie Sztabu Głównego WP. Po agresji III Rzeszy na Polskę znajdował się w drugim rzucie Sztabu Naczelnego Wodza, z którym po agresji ZSRR na Polskę 17 września 1939 przekroczył granicę polsko-rumuńską. Na osobiste polecenie marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza odwołany wówczas ze stanowiska kierownika Referatu „W” i skierowany do Bukaresztu dla rozpoczęcia organizacji sieci wywiadowczej w okupowanej przez Niemcy i ZSRR Polsce. Nawiązał częściową współpracę wywiadowczą z Rumunami. Efektem jego działań było stworzenie niezależnej i działającej w konspiracji stacji łącznikowej i ekspozytury polskiego wywiadu. Prace przerwała choroba - do grudnia 1939 przebywał w szpitalu w Bukareszcie z rozpoznaniem kamicy nerkowej. Po wyjściu ze szpitala zameldował swój powrót do służby płk.