W sierpniu 1549 roku udał się do Urach, gdzie jego przyjaciel Isenmann był wówczas pastorem, by naradzić się z księciem, jego doradcami i Matheusem Alberem w sprawie przywrócenia nabożeństwa ewangelickiego. Jesienią 1550 roku poślubił swoją drugą żonę Catherine, najstarszą córkę Isenmanna. thumb|240px|Tablica epitafijna Johanna Brenza w Kolegiacie w Stuttgarcie Po śmierci Ulryka Brenz został poproszony, by przygotować wyznanie wiary (zwane confessio Wirtembergica), które zostanie przedstawione na soborze trydenckim. W marcu 1552 roku udał się do Trydentu, wraz z trzema innymi wirtemberskimi teologami i Johannesem Marbachem ze Strasburga, by bronić tam swego wyznania. Przybycie Brenza zaskoczyło zgromadzonych, jednak ci odmówili przyjmowania pouczeń od tych, którzy winni byli im posłuszeństwo. W tym czasie Interim augsburskie zostało zniesione. Brenz, po okresie pobytu w Stuttgarcie, Tybindze, Ehningen i Sindelfingen jako doradca księcia, został 24 września 1554 roku proboszczem katedry w Stuttgarcie i dożywotnim radcą książęcym. Otrzymał od księcia wolną rękę w reformowaniu spraw kościelnych i szkolnictwa. Przeprowadzona reforma była zgodna z założeniami confessio Wirtembergica, odrzucił natomiast propozycje Leysera i Andreä, by wprowadzić dyscyplinę kościelną w stylu kalwińskim.