Działał też na polu działalności literackiej, jego Catechismus pia et utile explicatione illustratus zdobył uznanie poza granicami kraju i wśród następnych pokoleń.
Kontrowersja powstała z powodu nauki Andreasa Osiandra na temat usprawiedliwienia, która wywołała rozłam w Kościele pruskim, doprowadziła do pojawienia się zarzutów wobec Brenza, według którego zaistniały konflikt był jedynie sporem o słowa. W 1558 roku wydał edykt przeciwko anabaptystom i Schwenkfeldowi, bronił nauki o Wieczerzy Pańskiej przeciwko tendencjom kalwińskim. Brenz, na gruncie radykalnie rozumianej doktryny o unii personalnej, opowiadał się za poglądem o wszechobecności ciała Chrystusa, która zacząć się miała nie z chwilą wniebowstąpienia, ale już przy wcieleniu. Napisał też obronę Wyznania augsburskiego przez zarzutami dominikanina Piotra Soto.
Brenz utrzymywał kontakty z waldensami i francuskimi protestantami, jednak wszelkie próby zbliżenia zakończyły się niepowodzeniem. Jego wsparciem cieszyli się ewangelicy z Bawarii, którzy znosili ucisk od księcia Albrechta. Zalecał mieszczanom ze Strasburga nie brać udziału w katolickich obrzędach, interesował się też sytuacją ewangelików w Austrii.