Stanisława Kujota w 1914 roku nowym prezesem został ks. Brunon Czapla, pełniący tę funkcję do 1918 roku.
Okres międzywojenny Towarzystwo zmieniło swoje cele po przyłączeniu Pomorza Nadwiślańskiego do Polski w styczniu-lutym 1920 roku oraz utworzenia województwa pomorskiego z siedzibą w Toruniu. Wśród członków zaczęli dominować przedstawiciele inteligencji miejskiej oraz artyści. Towarzystwo kontynuowało wydawanie Roczników i serii Fontes. W latach 1920–1923 prezesem Towarzystwa był dr Józef Łęgowski, a w latach 1923–1939 ks. Alfons Mańkowski. W latach 20. Towarzystwo współuczestniczyło w tworzeniu Książnicy Miejskiej. W 1923 roku przekazało swój księgozbiór w trwały depozyt Książnicy. W 1930 roku Towarzystwo oddało swoje zbiory muzealne Muzeum Miejskiemu w Ratuszu Staromiejskim w Toruniu. Ponadto Towarzystwo pracowało nad stworzeniem Pomorskiego Instytutu Naukowego, mającego być podstawą pod utworzenie uczelni wyższej w Toruniu. W 1934 roku Towarzystwo znalazło się w składzie Rady Zrzeszeń Naukowych, Artystycznych i Kulturalnych Ziemi Pomorskiej. Przewodniczącym Rady został ks. Alfons Mańkowski.