Towarzystwo początkowo działało w prywatnym pomieszczeniu przy ulicy Łaziennej. W maju 1881 roku rozpoczęto budowę nowej siedziby przy ulicy Wysokiej. Budowę zakończono w 1882 roku. W nowej siedzibie założono bibliotekę, która do 1916 roku liczyła 5 tys. woluminów.
1878 roku Towarzystwo zaczęło wydawać czasopismo naukowe Roczniki Towarzystwa Naukowego w Toruniu, wydawane na obszarze Prus Zachodnich. Czasopismo wydawano do 1884 roku. W 1886 roku zmarł pierwszy prezes Towarzystwa Ignacy Łyskowski. Nowym prezesem został dr Leon Szuman. Pod koniec lat 90. XIX wieku stanowisko prezesa objął Witold Jaworowicz, a w 1897 roku ks. Stanisław Kujot.
W 1897 roku Towarzystwo liczyło 226 członków, w 1905 – 458, w 1910 – 591. Większość członków stanowiły osoby nie mieszkające na stałe w Toruniu. Pod względem zawodu dominowali księża (68% członków w 1903, 57% w 1913). W wyniku tego Towarzystwo stało się największą tego typu organizacją w Prusach Zachodnich. Ks. Stanisław Kujot reaktywował Roczniki Towarzystwa Naukowego w Toruniu oraz powołał czasopismo Fontes, gdzie publikowano materiały źródłowe do historii Pomorza. W 1908 roku zaczął ukazywać się periodyk Zapiski Towarzystwa Naukowego w Toruniu, będąca początkowo gazetą informującą o działalności Towarzystwa, a następnie czasopismem historycznym. Po śmierci ks.