II wojna światowa Podczas II wojny światowej władze okupacyjne rozwiązały Towarzystwo. Cały majątek został skonfiskowany. Księgozbiór przejęła Stadtbibliothek Torun. Ks. Alfons Mańkowski zginął w 1941 roku w niemieckim nazistowskim obozie koncentracyjnym Stutthof. Po wojnie Towarzystwo odzyskało księgozbiór.
Czasy najnowsze Pierwsze powojenne Walne Zgromadzenie Towarzystwa odbyło się 17 lipca 1945 roku. Nowym prezesem został ks. Paweł Czaplewski. Po utworzeniu Uniwersytetu Mikołaja Kopernika i zmianę statutu (w 1946 roku) Towarzystwo przekształciło się w organizację zatrudniającą uczonych. Po wojnie Towarzystwo liczyło trzy wydziały: I – Nauk Historycznych, Prawniczych i Społecznych, II – Filologiczno-Filozoficzny i III – Matematyczno-Przyrodniczy. W 1948 roku nowym prezesem Towarzystwa został prof. Konrad Górski. Rok później zrezygnował ze stanowiska w wyniku nacisków władz komunistycznych. Nowym prezesem został prof. Władysław Dziewulski. W 1957 roku prezesem ponownie został prof. Konrad Górski. Urząd ten sprawował do 1983 roku. W 1964 powołano samodzielny Wydział Nauk Prawnych i Społecznych. W 1983 roku stanowisko prezesa objął prof. Marian Biskup.