Poprawiła się natomiast jego sytuacja w reprezentacji. Po nieudanych Mistrzostwach Świata w Korei i Japonii z selekcjonerskiej posady zrezygnował Camacho, a jego miejsce zajął Iñaki Sáez. W jego reprezentacji dość ważne miejsce zajął właśnie Guti. 12 października 2002 r. w meczu z Irlandią (3:0) strzelił głową swoją pierwszą bramkę w reprezentacji, po dokładnym dośrodkowaniu pomocnika Barcelony – Xaviego.
25 kwietnia 2003 roku Guti i jego żona, Arancha, ogłosili separację.
Guti pod koniec sezonu 2002/2003 dostał szansę gry w pierwszej jedenastce w ćwierćfinale Ligi Mistrzów z Manchesterem United, na pozycji defensywnego pomocnika. Wykorzystał szansę i do końca sezonu miał pewne miejsce w składzie. Tymczasem jeszcze przed końcem sezonu Pérez i Valdano sprowadzili do Madrytu Davida Beckhama – Guti wcześniej mówił, iż jeśli ten przyjdzie do „Królewskich”, to on prawdopodobnie pożegna się z drużyną. Parę dni po potwierdzeniu transferu Anglika, Guti (wraz ze swoim menedżerem) spotkał się na obiedzie z Pérezem i jego prawą ręką, Valdano. Klubowi działacze zapewnili go, że jest bardzo ważnym ogniwem drużyny. Real Madryt odpada w półfinale Champions League, ale wygrywa hiszpańską Primera División.