Nowy sezon zaczął się od kontuzji w meczu o Superpuchar Hiszpanii z RCD Mallorca. Po kontuzji znów zaczął walkę o miejsce w składzie. W jednym z kolejnych meczów – z Valencią – nie mógł zagrać Raúl, a Guti wskoczył na jego miejsce. Mimo że grał nie gorzej od reszty, nowy trener – Carlos Queiroz zdjął go po 55 minutach. Schodząc z boiska, nie kryjący wściekłości Guti cisnął o ziemię opaską kapitana. Ale już w następnym spotkaniu grał pełne 90 minut. W tym sezonie strzelił 4 bramki w 34 meczach. W sezonie 2004/2005 nie zdołał się wpisać na listę strzelców ani razu.

W sezonie 2007/2008 pełnił w drużynie prowadzonej przez Bernda Schustera kluczową rolę odnotowując w ciągu sezonu 14 asyst. W kolejnym sezonie ponownie odgrywał rolę jockera w drużynie zarówno u Schustera jak i u Ramosa. Sezon 2009/2010 zaczął jako rezerwowy. Gdy Manuel Pellegrini zaczął przekonywać się do jego talentu doszło do incydentu w wyjazdowym meczu Copa del Rey z Alcoronem (4:0), kiedy Guti siadając na ławce nie szczędził gorzkich słów trenerowi. Po tym meczu został odsunięty od kadry na kilka miesięcy, gdy wrócił odgrywał w drużynie głównie rolę „jokera”, który wchodzi na boisko gdy drużynie nie idzie, a on swoimi niekonwencjonalnymi zagraniami ma otwierać kolegom drogę do bramki, dzięki niemu Real wygrał m.in. dramatyczny mecz z Sevillą na Bernabeu (3:2).