Do bramek w lidze dołożył jeszcze 4 gole w Lidze Mistrzów, a jednym z nich, strzelonym głową w meczu ze Sportingiem 25 października 2000 roku (4:0), wpisał się do kronik jako strzelec 500-nej bramki dla Realu Madryt w europejskich pucharach. Gdy na boisku brakowało Fernando Hierro i Raúla, to on nosił opaskę kapitańską. Po sprowadzeniu do Madrytu Zinédine’a Zidane’a, ciężko mu było wrócić na nominalną pozycję ofensywnego pomocnika.
Guti dalej grał w ataku na zmianę z Morientesem. Świetne występy, jak na przykład hattrick z Villarrealem, przeplatał gorszymi. Mógł stać się bohaterem Madrytu, ale w meczu z odwiecznym rywalem – FC Barcelona – nie wykorzystał dwóch stuprocentowych sytuacji. W 2002 roku Real Madryt znów wygrał Ligę Mistrzów. Guti ponownie nie zaliczył nawet minuty w finale. Pewnie wszedłby na boisko, gdyby nie kontuzja Césara i konieczność zmiany bramkarza.
Sezon 2002/2003 to dla Gutiego rozczarowanie. Do Madrytu przybył Ronaldo, a Hiszpan wylądował na ławce rezerwowych. Zastanawiał się nad zmianą klubu, co jednak nie doszło do skutku.