Podczas kampanii w Overlandzie oraz pod Petersburgiem w 1864 działał jako dowódca dywizyjny pod Stuartem, a po jego śmierci, pod gen. dyw. Wade’em HamptonemHampton został awansowany przez Roberta E. Lee jako najstarszy i najbardziej doświadczony; w owym czasie wielu spodziewało się, że to stanowisko zostanie powierzone młodszemu z panów Lee.. Mimo umiejętności, Lee nie był w stanie przebić się przez defensywę unijnych oddziałów murzyńskich, broniących Fortu Pocahontas w hr. Charles City.
Brał udział w kampanii gen. br. Jubala Early’ego przeciwko gen. dyw. Philipowi Sheridanowi (w dolinie Shenandoah oraz pod Winchesterem) – został ciężko ranny, po zastrzeleniu pod nim trzech kolejnych koni. Kiedy Hampton został odesłany do Karoliny Północnej na odsiecz wojskom generała Josepha Johnstona, dowództwo nad całym kontyngentem kawalerii przypadło Lee (29 marca 1865). Nie nacieszył się nową funkcją zbyt długo, gdyż już 9 kwietnia doszło do kapitulacji wojsk Konfederacji po bitwie pod Appomattox Court House, w której młody generał poprowadził ostatnią szarżę Południa.
Kariera powojenna thumb|left|Lee po wojnie