Po wojnie zajął się farmerstwem w hr. Stafford, jednocześnie intensywnie działając w grupach sympatyzujących z ideą niepodległego Południa. W 1875 roku przybył na obchody setnej rocznicy bitwy pod Bunker Hill w Bostonie, gdzie wygłosił znakomitą przemowę. W 1885 został członkiem zarządu wizytacji Akademii w West Point, zaś w latach 1886-1890 pełnił urząd gubernatora Wirginii.
Lee dowodził trzecią dywizją podczas obu parad inauguracyjnych prezydenta Grovera Clevelanda w 1885 i 1893 roku.
W kwietniu 1896 roku został mianowany przez prezydenta Clevelanda generałem-konsulem w Hawanie, gdzie zajmował się sprawami zarówno konsularnymi jak i dyplomatyczno-militarnymi. Z tego stanowiska mógł zdać szczegółowy raport dotyczący zatopienia okrętu wojennego USS Maine. Po wypowiedzeniu wojny Hiszpanii przez rząd USA, ponownie wstąpił do armii.
Był jednym z trzech eks-konfederackich głównodowodzących, którzy wstąpili do US Army. Dowodził VII Korpusem Armii, jednakże nie wziął udziału w walkach na Kubie. Był wojskowym gubernatorem Hawany i Pinar del Río od 1893 roku. Przeszedł na emeryturę w 1901, jako generał brygady.