Większą część gry bohater pokonuje kolejne poziomy samodzielnie, jedynie sporadycznie korzystając z pomocy napotkanych postaci niezależnych. Pracownicy ochrony oraz naukowcy zatrudnieni w Black Mesa pomagają czasem graczowi uzyskać dostęp do nowych obszarów lub przekazują istotne dla fabuły informacje. Blue Shift wprowadził nowy, w stosunku do poprzednich gier z serii, rodzaj zadań polegający na eskortowaniu ważnych postaci z jednego miejsca w inne oraz ich ochrony przed atakującymi przeciwnikami. W grze pojawia się dosyć szerokie spektrum przeciwników znanych z oryginalnego Half-Life, w tym istot pozaziemskich takich jak głowokraby () czy Vortigaunty. Oprócz tego gracz napotyka na swojej drodze również wrogo nastawionych żołnierzy jednostki HECU, którzy zostali przysłani do kompleksu Black Mesa, aby opanować zaistniałą sytuację i wyeliminować pozostałych przy życiu świadków katastrofy. Blue Shift w żaden sposób nie nawiązuje jednak do fabuły Opposing Force, wcześniejszego dodatku do Half-Life. W grze nie pojawiają się też żadne postaci lub nowe typy broni zaprezentowane w Opposing Force. Bohater posiada natomiast dostęp do ograniczonego arsenału znanego z oryginalnej gry.