Podobnie jak oryginalny Half-Life, Blue Shift jest grą typu first-person shooter, a sam sposób prowadzenia rozgrywki nie uległ większym zmianom w stosunku do podstawowej wersji gry, tj. gracz może poruszać się w ramach ograniczonych przestrzennie poziomów, walczy lub współpracuje z bohaterami niezależnymi pojawiającymi się w trakcie gry oraz musi rozwiązywać kolejne łamigłówki, które pozwalają mu posuwać fabułę gry do przodu. Dodatek wykorzystuje, zapoczątkowaną w Half-Life, metodę nieprzerwanej narracji. Bohater obserwuje wszystkie wydarzenia z perspektywy pierwszej osoby i posiada pełną kontrolę nad postacią przez niemal cały czas trwania gry. Wszelkie wydarzenia, które mają miejsce w grze, przedstawiane są przy użyciu oskryptowanych sekwencji, a nie przerywników filmowych. Pomimo podzielenia gry na poziomy, jedynymi przerwami w trakcie samej rozgrywki są momenty ładowania się środowiska kolejnych obszarów.