Bohater decyduje się zejść na niższy poziom laboratorium, gdzie mieszczą się generatory elektryczne, aby znaleźć sprawny akumulator. Tymczasem starcia między Marines a obcymi przybierają na sile. Po powrocie do części głównej laboratorium, wraz z nowym akumulatorem, Calhoun pomaga Rosenbergowi w ewakuacji nielicznego, ocalałego personelu za pomocą urządzenia teleportującego. Gdy, jako ostatni, do teleportu wchodzi Calhoun, do komory testowej dostają się Marines, którzy otwierają ogień w kierunku głównego bohatera, powodując tym eksplozję urządzenia. W wyniku zniszczenia teleportu, Calhoun doświadcza zjawiska zwanego „odpływem harmonicznym”, który w gwałtowny sposób przenosi go do różnych lokalizacji w świecie Xen oraz na terenie Black Mesa. W jednym z miejsc jest on świadkiem schwytania, przez żołnierzy HECU, Gordona Freemana, głównego bohatera oryginalnego Half-Life. Ostatecznie główny bohater zostaje przeniesiony w zaplanowane wcześniej miejsce na obrzeżach kompleksu, gdzie czekają na niego dr Rosenberg oraz pozostali ocaleli naukowcy, którzy następnie uciekają z ośrodka przygotowanymi wcześniej samochodami.
Rozgrywka