W lipcu 1880 roku powołano cztery osoby do komitetu mającego dokonać zmian: szefa orkiestry marynarki – Suketsune Nakamurę, dyrygenta orkiestry wojsk lądowych – Yoshitoyo Yotsumoto, dyrektora ds. dworskich przedstawień gagaku (dawnej muzyki dworskiej) – Hiromoriego Hayashi, oraz niemieckiego muzyka na kontrakcie marynarki wojennej – Franza Eckerta. Wybrana została melodia skomponowana przez Hiromoriego Hayashi. Była ona oparta na tradycyjnej skali stosowanej w gagaku. Franz Eckert wykonał natomiast aranżację wokalną. Nowy hymn państwowy został po raz pierwszy wykonany w Pałacu Cesarskim w dniu urodzin cesarza Meiji, 3 listopada 1880 roku.
W roku 1893 pieśń ta nabrała charakteru ceremonialnego, albowiem zgodnie z zaleceniami Ministerstwa Edukacji śpiewano ją w szkołach podstawowych w czasie świąt państwowych. Wkrótce przyjęła się także na uroczystościach państwowych i imprezach sportowych.
Oficjalny hymn W czerwcu 1999 roku rząd przedstawił swoją interpretację znaczenia hymnu Kimi-ga-yo podczas obrad Izby Reprezentantów parlamentu nad projektem ustawy o kodyfikacji flagi narodowej i hymnu.