Dodatkowo po strajku w PR w sierpniu 2011, marszałek województwa śląskiego Adam Matusiewicz odwołał zapowiadane na koniec 2011 roku przejęcia przez KŚ linii Gliwice – Bytom oraz Szybkiej Kolei Regionalnej (Sosnowiec Główny – Tychy Miasto).
Przeciwnicy Kolei Śląskich zarzucali im, że pomimo iż obsługują jedynie najbardziej dochodową linię w województwie (linia S1 łączy m.in. 5 najludniejszych miast województwa śląskiego) oraz udostępnia im się nowy tabor będący własnością województwa, to ich dotacja w 2012 miała wynieść aż 39,5 mln zł, co daje stawkę 14,75 zł brutto za pociągokilometr (w 2012 roku na kursy do Wisły nie było dopłat, a innych linii spółka nie obsługiwała). Dla porównania Przewozy Regionalne miały dostać dotację w wysokości 120 mln złotych na wszystkie obsługiwane linie, co daje stawkę 21,05 za pociągokilometr, a w 2011 dostały 156 mln zł, czyli 19,25 zł za pociągokilometr. Jednakże KŚ część własnych środków przeznacza na zakup taboru.
Historia thumb|EN75 FLIRT zakupiony przez województwo w 2006 roku