Wcześniej spółki wojewódzkie powstawały albo w oparciu o zakład Przewozów Regionalnych (województwo mazowieckie) albo poprzez rozpisanie przetargu na obsługę linii kolejowych (województwo kujawsko-pomorskie).
W późniejszym okresie w województwie śląskim zaniechano bezpośredniej obsługi pociągami Regio Przewozów Regionalnych w relacjach: Tarnowskie Góry – Opole – zlikwidowana 11 grudnia 2011 Gliwice – Bytom – zlikwidowana 1 marca 2012 Częstochowa – Opole – zlikwidowana 1 czerwca 2012
Kontrowersje wokół powstania Kolei Śląskich Zarząd i związkowcy działający w Przewozach Regionalnych od początku podejmowali działania na rzecz uniemożliwienia utworzenia nowej spółki, obawiając się, że jej powstanie doprowadzi do zwolnień pracowników w PR. Koleje Śląskie miały zadebiutować najpierw w marcu, a potem w czerwcu 2011. Początek działalności przewozowej był przekładany ze względu na niemożność porozumienia z Przewozami Regionalnymi w sprawie wynajmu taboru. Ostatecznie spółka zadebiutowała 1 października, a brakujący tabor uzupełniła 10 wagonami wypożyczonymi od przedsiębiorstwa České dráhy, 2 lokomotywami od przewoźnika Lotos Kolej i 2 EZT EN57.