Przed powstaniem spółki 28 stycznia 2003 województwo śląskie podpisało umowę na zakup dwóch autobusów szynowych SA109 z Kolzamem, z których został dostarczony tylko pierwszy, ponieważ produkcję drugiego przerwała upadłość zakładu. 27 lipca 2006 podpisano umowę ze Stadler Rail na dostawę 4 FLIRT-ów, które początkowo były wykorzystywane przez Przewozy Regionalne, a 1 października 2011 zostały przekazane Kolejom Śląskim. 22 grudnia 2009 województwo śląskie podpisało z Pesą umowę na dostawę 8 Elfów, które po dostarczeniu zostały przekazane Kolejom Śląskim.
2010 Akt założycielski spółki Koleje Śląskie Sp. z o.o. podpisano 8 kwietnia 2010, 15 kwietnia wybrano radę nadzorczą, a 28 kwietnia zarząd i prezesa – Annę Patalong. Kapitał zakładowy spółki wynosił wówczas 15 mln zł. 20 maja spółka została wpisana do Krajowego Rejestru Sądowego, 6 lipca uzyskała licencję na przewóz osób, 9 grudnia uzyskała certyfikat bezpieczeństwa część A, a 10 stycznia 2011 część B.