Zdobyte od jeńców informacje pozwoliły Czarnieckiemu ruszyć w kierunku Słonima i zdobyć go. Skrzetuski rozbił oddział rosyjski pod Piaskami, a 17 maja w Wołkowysku chorągiew szlachty białoruskiej dowodzoną przez Hieronima Horskiego. W odwrocie nad Narwią poniósł porażkę. Prawdopodobnie brał również udział w bitwach pod Połonką (28 czerwca) i nad Basią (12 października 1660).
W końcu listopada 1662 roku konfederaci zamordowali swego zwierzchnika hetmana Wincentego Gosiewskiego. Skrzetuski nie uczestniczył w morderstwie, ale w owych wydarzeniach odgrywał wielką rolę, występował jako pułkownik wojsk związkowych. Zbrodnia ta wstrząsnęła opinię publiczną. Jego podkomendni dopuścili się licznych grabieży. Pomimo tego autorytet Skrzetuskiego wzrastał, wkrótce wymieniony został w źródłach jako porucznik chorągwi pancernej. W 1667 roku wymieniony został jako wicerotmistrz. Po śmierci Czarnieckiego Skrzetuski był związany z Sobieskim. Z połowy 1667 roku pochodzi wzmianka, że Skrzetuski przyprowadził kilku jeńców z istotnymi informacjami o przeciwniku.