Rotmistrz Marek Gdeszyński został postrzelony 15 sierpnia 1649 roku, a niedługo potem zmarł. Po jego śmierci chorągiew przestała istnieć. Skrzetuski został dowódcą niższego szczebla, była to bliżej nieznana „komenda nad Wołoszą”. W 1651 roku Skrzetuski prawdopodobnie walczył pod Beresteczkiem. 29 maja, na miesiąc przed bitwą, wysłany został na zwiady i schwytał pięciu Kozaków, którzy zeznali, że poprzedniego dnia Chmielnicki przebywał w Złoczowie. Następnie brak jakichkolwiek wiadomości o Skrzetuskim przez okres ośmiu lat. Wiesław Majewski przypuszcza, że w latach 1652–1657 „służył jako porucznik jazdy w wojnach z Kozakami, Tatarami, Moskwą i Szwedami”.
Następna wzmianka pochodzi z 1660 roku, kiedy to dywizja Czarnieckiego wróciła ze zwycięskiej wyprawy zamorskiej, podczas której wsparto duńskiego sojusznika. Skrzetuski nazwany został porucznikiem chorągwi lekkiej (tatarskiej) starosty osieckiego Adama Uriela Czarnkowskiego. Dowodził tą jednostką podczas wojen z Carstwem Rosyjskim i Tatarami pod komendą Stefana Czarnieckiego, a później Jana Sobieskiego. W pierwszej połowie maja 1660 roku podczas wojny polsko-rosyjskiej wysłany został z podjazdem przeciwko Chowańskiemu. W okolicach miejscowości Kozierady zdobył nieprzyjacielską chorągiew oraz jeńców.