W tym okresie doszło do utożsamienia katolicyzmu z patriotyzmem i z polskością. Taki schemat został przyjęty przez królów: Michała Korybuta Wiśniowieckiego i Jana III Sobieskiego, którzy, choć potwierdzili prawa innowierców, nie potrafili spowodować ich respektowania. W 1682 po raz czwarty został zburzony zbór w Wilnie. Czasy saskie przyniosły kolejne sankcje, w tym zamknięcie protestantom dostępu do Senatu (1712). Protestantyzm w Polsce został utożsamiony z pojęciem obcości i zagrożenia i przestał być liczącym się nurtem życia kraju.
Główne ośrodki kalwinizmu w Koronie i na Litwie w XVI–XVII w.Atlas historii Polski, Demart, Warszawa 2006. Korona: województwo brzeskie kujawskie: Radziejów województwo krakowskie: Kraków, Pińczów województwo lubelskie: Bełżyce, Kock, Lubartów i Lublin województwo podlaskie: Węgrów województwo podolskie: Paniowce województwo pomorskie: Krokowa, Gdańsk województwo poznańskie: Ostroróg i Leszno województwo sandomierskie: Baranów Sandomierski, Chmielnik, Jedlińsk, Szydłowiec i Wodzisław województwo sieradzkie: Secemin województwo wołyńskie: Lachowice, Beresteczko Litwa: województwo nowogródzkie: Nowogródek, Słuck województwo wileńskie: Wilno województwo witebskie: Witebsk księstwo żmudzkie: Kiejdany, Birże, Kielmy