Kalwini zostali zmuszeni do opuszczenia miasta, a ich zbór na ulicy Świętomichalskiej został zburzonyWilno. Przewodnik krajoznawczy Juljusza Kłosa Prof. Uniwersytetu St. Batorego. Wydanie trzecie poprawione, Wydawnictwo Wileńskiego Oddziału Polskiego Towarzystwa Turystyczno-Krajoznawczego, Wilno 1937, s. 140..
Czasy Jana Kazimierza przyniosły upadek kalwinizmu: zanikł na południowym wschodzie kraju w wyniku wojen i bezprawia. W roku 1656 w trakcie potopu szwedzkiego doszło do spalenia prywatnego miasta szlacheckiego Leszna zamieszkałego przez większość protestancką (w tym dużą wspólnotę braci czeskich) za wpuszczenie do miasta Szwedów. Po zakończeniu wojny ze Szwecją reformowanych dosięgły represje spowodowane ich współpracą z protestanckim najeźdźcą (pogromy, zabójstwa). Pomijano jednak fakt podobnej kolaboracji ze strony części katolików. Protestanci masowo opuszczali Rzeczpospolitą. Na skutek ślubu Jana Kazimierza złożonego przed zdobyciem Warszawy wygnano z Polski braci polskich w 1658 roku pod groźbą śmierci.