W czerwcu 1611 roku w Wilnie za „bluźnierstwo” skazano na śmierć i uśmiercono Franco de Franco. Dozwolono również na tumult w mieście w dniach 2 i 3 lipca 1611, zabójstwo ministra Marcina Tertuliana oraz towarzyszące mu zburzenie zboru kalwińskiego w Wilnie. W roku 1616 po kilkukrotnych napaściach tłumy podburzone przez jezuitów doszczętnie zniszczyły budynki zboru braci czeskich istniejące na poznańskim wzgórzu św. Wojciecha od roku 1553 – na ich ruinach zbudowano bazylikę św. Józefa i klasztor karmelitów bosych. Nowa parafia kalwińska została utworzona w mieście dopiero w roku 1772.
Władysław IV prowadził politykę większej tolerancji, pozwolił osiąść w Polsce protestantom wygnanym ze Śląska. W Małopolsce Kościół reformowany powoli odżywał, w Sandomierskiem powstawały nowe zbory. Od 1627 do Leszna masowo przybywali z Czech bracia czescy z Janem Amosem Komenskim. W 1645 na zjeździe w Lesznie wierni Kościoła reformowanego trwale połączyli się z braćmi czeskimi. W 1678 zawarto w Lesznie „Amica complanatio” (Porozumienie przyjacielskie) z luteranami, dotyczące współpracy Kościołów, wspólnego użytkowania świątyń i wspólnych synodów. Równocześnie jednak wciąż dochodziło do zatargów na tle religijnym jak na przykład w 1639 roku w Wilnie.