W obliczu rosnącego zagrożenia ze strony kontrreformacji (tumulty w miastach, burzenie zborów, działalność jezuitów) przyjęto zasady konfederacji warszawskiej zawiązanej na sejmie konwokacyjnym w Warszawie, w styczniu 1573, w celu zagwarantowania pokoju wyznaniowego i tolerancji. Konfederacja zapewniała wolność religijną wszystkim obywatelom. W 1591 w Wilnie doszło do pogromu na wyznawcach kalwinizmu – tłum katolików spalił wtedy ich kościół, dom, przytułek i szkołę(red.) Steponas Maculevičius, Doloresa Baltrušiene, Znajomość z Litwą. Księga tysiąclecia. Tom pierwszy. Państwo, Kraštotvarka, Kaunas, 1999, , s. 39.. W 1595 skończyło się porozumienie z luteranami, które zastąpiła otwarta rywalizacja. Od tego czasu liczba wyznawców kalwinizmu systematycznie spada.
XVII wiek Pozbawiony poparcia szlachty i oparcia w silnym mieszczaństwie, kalwinizm stopniowo zanikał. Poświadczają to liczne przykłady przechodzenia rodów magnackich na katolicyzm (np. jedna z linii Radziwiłłów). Brak centralnej organizacji kościelnej także osłabił kalwinizm, który już tylko bronił swojej pozycji. Zygmunt III Waza przestał respektować postanowienia konfederacji warszawskiej i tolerował rosnące prześladowania reformowanych. Rugowano protestantów z miast królewskich.