Jeszcze tego samego dnia Henry Morgan przypuścił decydujący atak. Hiszpanie byli dobrze ufortyfikowani i zadali piratom znaczne straty z armat, ale w ciągu kilku godzin piraci zmusili obrońców do wycofania się z miasta. Niezdobyta Panama została zajęta, ale mieszkańcy zdążyli przed napaścią zbiec i ukryć większość wartościowych rzeczy.
Po bitwie 200px|lewo|mały|Pozostałości panamskiej katedry spalonej przez piratów Henry Morgana 150px|mały|Piraci z łupami w zdobytym mieście na obrazie Howarda Pyle'a Piraci splądrowali zdobyte miasto, a następnie na rozkaz Morgana spalili je. Według przekazu pożar szalał przez 4 tygodnie i strawił ponad 5 tys. budynków i magazynów. Zgliszcza Panamy zaś ponownie przeszukano i ogołocono z przeoczonych wcześniej kosztowności. Mimo że w spalonym mieście przepadło wiele nieraz bezcennych kosztowności, klejnotów i dzieł sztuki, to łączny łup wyniósł ok. 155 tys. ówczesnych funtów szterlingów (w 1990 ok. 25 575 000 dolarów według wartości funta z 17901£~ 4,5 reala (łup wyniósł 30 tys. funtów i 750 tys. reali), a w 1790 1£= 165$ z 1990;, a uwzględniając procesy inflacyjne od XIX wieku, obecnie byłoby to jeszcze więcej).