Kilka tygodni po zdobyciu miasta i zgromadzeniu dóbr, piraci wrócili na wybrzeże, jednak Morgan zagarnął większość skarbu i uciekł z nim na Jamajkę. Ponieważ nigdy nie udało się odnaleźć nawet części zagarniętego majątku, zaczęły krążyć plotki, że kapitan ukrył go gdzieś po drodze lub nawet w bardziej odległym rejonie Karaibów. Sam pirat zaś został w 1672 aresztowany i krótko więziony w Anglii, ponieważ ataku na Panamę dopuścił się już po zawarciu traktatu pokojowego pomiędzy Hiszpanią i Anglią.
Panama została odbudowana – jako tzw. Panama Nuevo – w 1674, w pobliżu opuszczonych zgliszczy (odtąd zwanych Panama La Vieja), ale już nigdy nie odzyskała w pełni swojej pozycji sprzed 1671.
W 1927 w podziemiach ruin kościoła Świętego Jana w Panamie odkryto kilka skrzyń z kosztownościami, które być może zostały tam ukryte przed napaścią piratów.
Największe okręty floty Henry’ego Morgana Nazwa okrętu Kapitan Wyporność (t) Uzbrojenie (armaty) Załoga Bandera Satisfaction (okręt flagowy) Henry Morgan 120 22 140 Ste Catherine Tribetor 100 14 110 65px Civillian John Erasmus 80 12 75 Ste Peter Pearse Hantol 80 10 90 65px Galliardena Gascoine 80 10 80 65px Ste John Diego 80 10 80 65px May-Flower Joseph Bradley † 70 14 100 John of Vaughall John Pyne 70 6 60 Dolphin John Morris 60 10 60 Constant Thomas Coone Leloramell 60 6 40