Prezydent Davis również nie pozostaje bez winy – jego rozkaz cofnięcia ludzi gen. mjr. Cartera L. Stevensona do obrony Vicksburga osłabiła siły Bragga.
Polk i Hardee słali list za listem do Davisa, prosząc o zmianę głównodowodzącego i uczynienie nim któregoś z nich. Prezydent, nie chcąc wybierać pomiędzy nimi dwoma, wybrał Josepha Egglestona Johnstona. Bragg został przeniesiony do Chattanoogi, aby uwiązać wojska Rosencransa, „panoszące się” w Georgii.
Chickamauga Po zebraniu wojsk w Chattanoodze, gen. Rosencrans rozpoczął działania w północnej Georgii, chcąc wypędzić stamtąd Bragga. Świeżo złożony z głównego dowództwa zachodniego frontu Bragg borykał się z niesubordynacją podwładnych. 10 września generałowie dyw. Thomas Hindman oraz Daniel Hill odmówili ataku na mniej liczną kolumnę wojsk federalnych gen. bryg. Jamesa Negleya. 13 września Bragg rozkazał Leonidasowi Polkowi zaatakowanie gen. mjr. Thomasa Crittendena, jednakże Polk zignorował rozkaz i zażądał posiłków, samemu spodziewając się ataku Unii. Rosencrans wykorzystał dany mu czas i zebrał rozproszone siły. Ostatecznie 19 i 20 września Bragg zebrał dwie dywizje z Missisipi, dywizję oraz parę brygad z Departamentu Wsch. Tennessee oraz dwie dywizje pod gen. br. Jamesem Longstreetem z Armii Północnej Wirginii i mimo dużych strat pokonał Rosencransa pod Chickamaugą.