Mimo politycznej zręczności, jaką się wykazywał, nie potrafił odgrywać symbolicznej roli poprzednika i w pełni zintegrować wokół siebie różnych stronnictw politycznych.
Mimo wyboru na Najwyższego Przywódcę Ali Chamenei nie cieszył się całkowitym poparciem irańskiego duchowieństwa. Legitymizacja jego władzy była kwestionowana. Ajatollah próbował wzmacniać swój autorytet, włączając instytucje religijne w system aparatu władzy lub do sieci subwencjonowanych przez państwo fundacji i stowarzyszeń. Oznaczało to poważne ograniczenie niezależności duchownych wobec władzy centralnej. Na początku lat 90. prowadził kampanię przeciwko „agresji kulturalnej Zachodu”. Według Chamenei nie był nigdy zwolennikiem rozwiązań siłowych, preferował „grę instytucjonalną”, z pragmatycznych względów poparł otwarcie gospodarcze Iranu na świat, krytykował niektóre brutalne działania irańskich instytucji wojskowych i paramilitarnych (m.in. atak na protestujących studentów Uniwersytetu Teherańskiego w 1999).